JSDefenderを使用すると、部分的な保護が実現できます。インライン設定ディレクティブを活用することで、直接ソースコード内に保護オプションを指定できます。
たとえば、以下のケースでは、customFunction 関数の名前の変更が無効になります。サーバーサイドで動的に生成された JavaScript コードの名前を保持する場合などに、このような設定が適用できます。
var x = true;
var y = false;
function customFunction() {
"@jsdefender { localDeclarations: false }";
var x = false;
var y = true;
}
詳細は以下のマニュアルをご確認ください。
https://www.preemptive.com/jsdefender/userguide/ja/cli_inline_config.html

