はい、難読化後に動作不良が発生する場合があります。

よくある原因としては、リフレクションや JSON シリアライザなど、特定のコードパターンが難読化によって影響を受けることが挙げられます。
これらの問題を回避する方法については、以下の資料をご覧ください。
https://www.agtech.co.jp/products/preemptive/pdf/Common_Errors_And_Solutions_After_Obfuscation.pdf